Lúa thuần là giống lúa cũng do lai tạo ra giữa bố và mẹ nhưng cho chọn lọc tự thụ trong nhiều đời, ít nhất thừ 8 đến 12 đời, từ đó chọn được một dòng thuần hoàn toàn để tự thụ và làm giống. Lúa lai thì chỉ qua một đời thôi. Lúa lai có nhiều ưu thế, cho năng suất cao hơn lúa thuần ít nhất 15 – 20%, thích ứng rộng.